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Esta conducta del Virrey motivó amargas quejas de los Inquisidores, según puede verse en la carta que escribieron al Consejo en 8 de enero de 1609.

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Ordóñez se manifestó muy sentido de esta promoción, pues decía que no se le había consultado para ella, y que las rentas del arzobispado eran tan cortas que no había de poderse con ellas sustentar con decencia. Carta de 20 de octubre de 1611.

Ordóñez Flores era natural de Brozas, en Extremadura, hijo de Francisco Gutiérrez Flores y de Francisca Ordóñez. Antes de ser nombrado inquisidor desempeñó el rectorado del colegio que la Orden de Alcántara mantenía en Salamanca. Su presentación para el arzobispado tuvo lugar en 1609, siendo consagrado en Lima por don Bartolomé Lobo Guerrero. Sirvió muy poco tiempo el arzobispado, pues habiendo llegado a él en 1613, murió al año siguiente. González Dávila, Teatro eclesiástico, y Alcedo, Diccionario geográfico.